เหรียญพระพุทธมหามงคล วัดทองบน ยานนาวา กรุงเทพมหานคร หลังพระพุทธมงคล ปี 2534 ที่ระลึกในงานผูกพัทธสีมา เนื้อกะหลั่ยทอง

สันนิษฐานว่าวัดทองบนสร้างขึ้นประมาณ พ.ศ. 2423 จากคำบอกเล่า มีคู่สามีภรรยาคู่หนึ่งชื่อ ปู่ทอง ย่าเอม ได้บริจาคที่ดินแปลงหนึ่งสร้างวัด ตั้งชื่อว่า วัดทองเอม ตามชื่อของผู้สร้าง โดยมีพระอาจารย์พัดเป็นเจ้าอาวาสรูปแรก หลวงปู่ขำเป็นเจ้าอาวาสรูปที่ 2 หลังจากนั้น เมื่อวัดว่างเจ้าอาวาสไม่มีผู้ดูแล ปู่ทองจึงออกบวชเป็นพระภิกษุเพื่อปกครองดูแลวัดในช่วงนั้น ฝ่ายย่าเอมก็บวชเป็นชีรักษาศีลอุโบสถอยู่ในวัดนี้เช่นเดียวกัน ต่อมาในสมัยของพระอาจารย์เพิ่ม เจ้าอาวาสรูปที่ 4 ได้เปลี่ยนชื่อวัดมาเป็น "วัดทองบน" ยังมีประชาชนเรียกชื่อวัดอีกนามหนึ่งว่า วัดนอก เพราะตั้งอยู่ริมฝั่งแม่น้ำนอกสวน คู่กับวัดในหรือวัดดอกไม้

ในสมัยแรก วัดมีพระภิกษุอยู่จำพรรษา ประมาณ 4 - 5 รูป มีกุฏิ 2 หลัง และสร้างเพิ่มขึ้นอีก 4 หลังรวมเป็น 6 หลัง ต่อมาปี พ.ศ. 2490 กุฏิไฟไหม้ 2 หลัง พังไปตามสภาพ 2 หลัง ในสมัยพระอาจารย์สมร เจ้าอาวาสรูปที่ 6 ได้สร้างเพิ่มขึ้นอีก 4 หลัง รวมเป็น 6 หลังเท่าเดิม เนื่องจากวัดทองบนตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยาจึงเกิดน้ำท่วมตลอดทั้งปี อาคารเสนาสนะต่าง ๆ ชำรุดทรุดโทรมมาก ในสมัยพระมหารส รกฺขิตธมฺโม เจ้าอาวาสรูปที่ 7 ได้พัฒนาวัดอย่างต่อเนื่องเรื่อยมา ปัจจุบันวัดทองบนได้รับประกาศแต่งตั้ง จากมหาเถรสมาคม อนุมัติจัดตั้งสำนักเรียนวัดทองบน เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2565 และสำนักปฏิบัติธรรมประจำจังหวัดกรุงเทพมหานคร แห่งที่ 68 โดยใช้ศาลาอเนกประสงค์ขนาดใหญ่ 2 ชั้น เป็นที่เรียนนักธรรมและบาลีของพระภิกษุ สามเณรและปฏิบัติธรรมของพุทธศาสนิกชน